Organe des Verbandes sind die Verbandsversammlung, der Verbands- und Werkausschuss und der Verbandsvorsitzende. Die Zuständigkeit der Verbandsorgane ist in der Verbandssatzung geregelt.
Verbandsversammlung
Oberstes Gremium des Zweckverbandes zur kommunalen Klärschlammverwertung Thüringen ist die Verbandsversammlung. In der Verbandsversammlung werden alle grundlegenden Beschlüsse gefasst, wie die Satzungen zur Organisation des Verbandes, die Wahl des Verbandsvorsitzenden und seiner Stellvertreter sowie der Mitglieder des Verbands- und Werkausschusses, die Bestellung des Geschäftsleiters, Haushaltsatzungen, Unternehmensbeteiligungen, strategische Unternehmensausrichtung, Grundstücksfragen u. ä.
Verbands- und Werkausschuss
Der Verbands- und Werkausschuss besteht aus dem Verbandsvorsitzenden und 7 Verbandsräten. Deren Mitglieder werden durch die Verbandsversammlung aus deren Mitte gewählt. Der Ausschuss hat im Wesentlichen die Aufgabe, die Verbandsversammlungen vorzubereiten und erfüllt weitere ihm per Satzung oder Beschluss der Verbandsversammlung zugeordnete Aufgaben z. B. Vergabehandlungen bis zu festgelegten Wertgrenzen.
Verbandsvorsitz und Geschäftsleitung
Der Verbandsvorsitzende vertritt den Verband nach außen. Er ist der Dienstvorgesetzte des Personals des Zweckverbandes und wird durch seine beiden Stellvertreter vertreten. Verbandsvorsitzender des Zweckverbandes KKT ist Dietrich Heiland, Verbandsvorsitzender des Zweckverbandes Wasser / Abwasser Mittleres Elstertal. Seine beiden Stellvertreter sind Jürgen Hofmann, Verbandsvorsitzender des Zweckverbands der Abwasserentsorgung und Wasserversorgung „JenaWasser“ und Sven Mechtold, Verbandsvorsitzender des Zweckverbands Wasserversorgung und Abwasserbeseitigung für Städte und Gemeinden des Landkreises Saalfeld–Rudolstadt.
Die Geschäftsleitung besteht aus einem Geschäftsleiter, der von der Verbandsversammlung bestellt wird. Dieser leitet die Geschäftsstelle des Verbandes und den Eigenbetrieb. Er unterstützt den Verbandsvorsitzenden bei allen Angelegenheiten der laufenden Verwaltung auf Grundlage der Beschlüsse der Verbandsversammlungen.
Geschäftsleiter des Eigenbetriebs „Kommunale Klärschlammverwertung Thüringen“ ist Katrin Pauli.